Berikut ini mekanisme pertanggungjawaban dari tingkat fakultas hingga program studi.

1.     Dekan bertanggungjawab kepada Rektor dalam memimpin Catur Dharma Universitas Muhammadiyah Purwokerto.

2.     Wakil Dekan bertanggungjawab kepada Dekan dan memiliki tugas sesuai dengan bidangnya. 

3.     Wakil Dekan I Bidang Akademik bertanggungjawab membantu dalam penyelenggaraan catur dharma Universitas Muhammadiyah Purwokerto

4.     Wakil Dekan II Bidang Administrasi Umum bertanggungjawab dalam administrasi dan keuangan fakultas.

5.     Wakil Dekan III Bidang Kemahasiswaan bertanggungjawab dalam penyelenggaraan kegiatan kemahasiswaan tingkat fakultas.

6.     Kepala Kantor dan Kepala UPT Perpustakaan bertanggungjawab kepada Wakil Dekan II Bidang Administrasi Umum.

7.     Kasubag Administrasi Umum dan Tata Usaha serta Kasubag Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan bertanggungjawab pada kepala kantor.

8.     Ketua program studi bertanggungjawab kepada Wakil Dekan I Bidang Akademik dan melaporkan hasil pelaksanaan program kerja setiap semesternya kepada Dekan Fakultas Ilmu Kesehatan. Ketua program studi dalam menjalankan tugasnya berpedoman pada deskripsi tugas pokok dan fungsi (tupoksi) dan standar operasional prosedur (SOP).

9.     Kepala laboratorium bertanggungjawab kepada ketua program studi dan melaksanakan tugas sesuai dengan tupoksi dan SOP.

10.  Ketua Tim Penjaminan Mutu Program Studi (TPMPS) bertanggungjawab kepada ketua Tim Penjaminan Mutu fakultas (TPMF).